Senat Mahasiswa merupakan badan normatif tertinggi organisasi kemahasiswaan di tingkat STAI.
Anggota Senat Mahasiswa adalah utusan dari Partai Politik Mahasiswa (Parpolma) yang ditentukan berdasarkan pemilihan langsung mahasiswa STAI Al-Bahjah ditambah 1 orang perwakilan dari UKM dan 1 orang perwakilan masing-masing Jurusan.
Anggota Senat Mahasiswa tidak boleh merangkap jabatan menjadi Presiden DEMA, Ketua UKM, Ketua BEMJ.
Pengurus Senat Mahasiswa terdiri dari seorang ketua, seorang sekretaris, seorang bendahara, dan anggota.
Susunan pengurus Senat Mahasiswa disahkan oleh Ketua STAI Al-Bahjah atas usul ketua Senat Mahasiswa terpilih.
Senat Mahasiswa mempunyai tugas pokok:
Melaksanakan konggres mahasiswa dan musyawarah kerja mahasiswa.
Memeriksa dan mengesahkan program kerja yang diusulkan oleh Dewan Eksekutif Mahasiswa STAI
Memeriksa dan mengesahkan laporan pertanggungjawaban (LPJ) Dewan Eksekutif Mahasiswa STAI
Melakukan pengawasan pelaksanaan program kerja dari Dewan Eksekutif Mahasiswa dan UKM.
Menampung dan menyalurkan aspirasi mahasiswa di tingkat STAI
Membahas dan mengesahkan Rancangan Undang-Undang yang diusulkan oleh panitia adhoc Senat Mahasiswa dan atau Dewan Eksekutif Mahasiswa.
Senat Mahasiswa dalam melaksanakan tugas-tugasnya dapat membentuk komisi-komisi sesuai dengan kebutuhan.
Senat Mahasiswa dalam melaksanakan tugas-tugasnya dan menyampaikan pertanggungjawabannya langsung kepada Ketua STAI Al-Bahjah.