Yayasan Al-Bahjah telah berdiri sejak tahun 2009 dengan akta Yayasan yang diterbitkan oleh Notaris dengan Nomor : 198, Tanggal 20 April 2009 kemudian disahkan oleh Kemenkumham Nomor: AHU-1866.AH.01.04. Tahun 2009, Tanggal 28 Mei 2009. Akta tersebut mengalami perubahan pada tahun 2018 berdasarkan permohonan Notaris NUGRAHENY PURWANINGSIH, SH yang berkedudukan di kota Bekasi, sesuai akta no 72 tanggal 06 Februari 2018 tentang perubahan Badan Hukum YAYASAN AL-BAHJAH tanggal 15 Februari 2018 denganNomor Pendaftaran 5018021532260020. Akta perubahan ini disahkan pada oleh kemenkumham dengan nomor Nomor: AHU-0002901.AH.01.12.TAHUN 2018 TANGGAL 17 Februari 2018.
sebagai Yayasan yang bergerak dibidang pendidikan, maka diantara salah satu jenjang pendidikan yang disediakan adalah Pendidikan formal dan non formal. diantara jenjang pendidikan formal yang telah dibuka adalah SDIQU AL-BAHJAH, SMPIQU AL-BAHJAH dan SMAIQU AL-BAHJAH. melihat perkembangan pendidikan formal yang semakin banyak peminatnya dan semakin banyak lulusan yang telah lulus dari pendidikan formal yang diselenggarakan oleh Yayasan Al-Bahjah, maka Yayasan Al-Bahjah memiliki cita-cita untuk membuka perguruan tinggi.
pada tahun 2015 Yayasan Al-Bahjah telah membuka diskusi diantara pengurusnya untuk mendirikan perguruan tinggi, hanya saja kekurangan SDM menjadikan Yayasan Al-Bahjah mengurungkan niat tersebut. Tiga tahun kemudian pada tahun 2018 Yayasan Al-Bahjah kembali membuka diskusi diantara pengurusnya untuk mendirikan sekolah tinggi. pada kesempatan ini Yayasan Al-Bahjah membentuk TIM pendirian perguruan tinggi. TIM ini sempat berjalan mempersiapkan segala sesuatunya untuk pendirian perguruan tinggi, tetapi pada akhirnya TIM ini kembali dibubarkan karena kesibukan anggota TIM yang tidak memungkinkan untuk fokus mengurus pendirian sekolah tinggi.
Pada Oktober 2019 Yayasan mengamanahkan kepada Muhamad Saechu untuk memimpin TIM pendirian perguruan tinggi. TIM ini terdiri dari Buya Yahya, Abah Sayf Abu Hanifah, Ust Haris, Bapak Toni, Dr. Abdul Aziz, Anisul Fata, ME., Sugianto, M.Pd., Asep Maman, Toto Thohir, SE., Fidya Arie dan Muhamad Saechu sebagai ketua TIM. TIM ini lebih fokus dalam mempersiapkan segala sesuatu yang diperlukan untuk pengajuan perguruan tinggi melalui situs kelembagaan DIKTIS Kementrian Agama Republik Indonesia.
Februari 2020 TIM Pendirian perguruan tinggi berhasil mengupload borang pengusulan pendirian perguruan tinggi di situs DIKTIS dengan nama Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Bahjah (STAI AL-BAHJAH). STAI Al-Bahjah mengajukan pembukaan empat prodi diantaranya adalah prodi Manajemen Haji dan Umroh (MHU), Hukum Tata Negara (HTN), Manajemen Pendidikan Islam (MPI) dan Tadris Pendidikan Matematika (TPM).
Ahad tanggal 15 Ramadhan 1443H yang bertepatan dengan tanggal 17 April 2022 M dilakukan assesment lapangan oleh Asesor BAN-PT dan Kasubdit Kelembagaan PTKI Kementrian Agama Republik Indonesia. Prof. Dr. H. Syamsun Ni’am, M.Ag. dan Dr. Hj. Sururin, M.Ag. sebagai Asesor dari BAN-PT. dan Dr. Thobib Al-Asyhar, S.Ag., M.Si. Kepala Subdirektorat Kelembagaan dan Kerjasama Direktorat PTKI serta Dr. A. Rafiq Zainul Mun’im, M.Fil.I Sub Koordinator Bina PTKIS pada Direktorat PTKI. Selain Asesor dari BAN-PT dan kasubdit Kelembagaan Kementrian Agama Republik Indonesia.
Rabu tanggal 12 Muharram 1444 H / 10 Agustus 2022 M STAI Al-Bahjah menerima Surat Keputusan Pendirian STAI Al-Bahjah yang diserahkan oleh kasubdit kelembagaan PTKI, Bapak Dr. Thobib Al Asyhar, S.Ag., M.Si. kepada Ketua Umum Yayasan Al-Bahjah Abah Sayf Abu Hanifah didampingi oleh Sekretaris umum, Ust Haris Nur Sobarie, M.Pd. dan TIM pendirian STAI Al-Bahjah Dr. Abdul Aziz, M.Ag. Dengan diserahkanya SK tersebut maka STAI Al-Bahjah secara resmi berdiri dengan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 815 Tahun 2022 Tentang Izin Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Bahjah Cirebon.
Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al-Bahjah berdiri dengan memiliki 3 Program Studi :
- Ekonomi Syariah berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 745 Tahun 2022 Tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Ekonomi Syariah Untuk Program Sarjana Pada Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Bahjah Cirebon
- Manajemen Pendidikan Islam berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 461 Tahun 2022 Tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam untuk Program Sarjana Pada Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Bahjah Cirebon
- Tadris Matematika berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 279 Tahun 2022 Tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Tadris Matematika Untuk Program Sarjana pada Sekolah Tinggi Agama Islam Al Bahjah Cirebon